方法学

植物检疫部分的假说如何构建、基于什么、如何排序——以及方法的边界在哪里。

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1. 假说如何构建

Swanson ABC 方法:病原 A — 共享媒介 B — 病原 C。A↔B 关联与 B↔C 关联各自取自 EPPO;推断出的 A↔C 是关于经由媒介产生共同易感性的假说。

A 取自受监管的检疫名单(俄罗斯、英国、土耳其——EPPO API 中唯一名单非空的国家;欧盟名单集中管理,不经 API 提供)。C 是在 EPPO 中与同一媒介相关联的全部病原。

范围:角色 A 中有 99 种受监管病原,主目录中有 264 条链。

2. 来源

唯一的数据来源是 EPPO Global Database。每条链都依据两条 EPPO 文献引用:A↔媒介边与媒介↔C 边。

站点上的病原、媒介与作物名称均可点击,通向 EPPO 分类单元页面;部分来源经 DOI 直接链接到出版物。

3. 三条确认轴线

  • 媒介(主桥)。 媒介特异性 = 1 / 它所传播的病原数量。所传范围越窄,关联越有意义。
  • 共享的寄主作物范围。 通过 Jaccard 系数(寄主集合的交集除以并集)衡量共享作物的比例。采用 Major host 与 generic Host 类别;实验室与杂草寄主予以排除。
  • 共享地理。 依据 EPPO,A 与 C 分布国家的重叠。

双重确认 = 媒介加上共享寄主范围。三重 = 再加国家重叠。

4. 排序

主目录按非显见性排序(媒介特异性乘以来自寄主科距离的新颖度):植物学上相距遥远、专家默认不会想到的作物之间的关联会升至顶部。

确认部分的排序方式不同——按确认强度,而非非显见性。「强」标记 = 特异性媒介(所传病原不超过 6 种)且至少 2 种共享作物且共享寄主数量在 5 到 150 之间且 Jaccard 不低于 0.1。

对于确认,新颖度指标并不适用:此处共享寄主是关联强度的标志,而非惩罚(在新颖度中,共享寄主反而会降低分值)。

5. 局限

  • EPPO 没有为许多病原(尤其是新出现的)记录媒介——媒介覆盖不完整。
  • 大多数寄主记录是未指明类别的 generic Host;这降低了寄主桥的完整性。
  • 来源仅取自 EPPO 名单非空的三个国家——真实的监管图景更为广阔。
  • 该方法不确定传播方向。
  • 这是从 EPPO 文献中进行的关联挖掘,而非生物学实验;每条假说都需经专家核验。
  • 作物汇聚是按作物划分的共同风险的运营信号,而非 Swanson 新颖度。
  • 时间动态(媒介与两种病原实际同时出现的时点)未予考虑。