Méthodologie

La méthode ABC de Swanson : agent A — vecteur commun B — agent C. Le lien A↔B et le lien B↔C sont chacun tirés d'EPPO ; le lien A↔C déduit est une hypothèse sur une possible vulnérabilité commune via le vecteur.

A provient des listes de quarantaine réglementées (Russie, Royaume-Uni, Türkiye — les seules avec des listes non vides dans l'API EPPO ; les listes de l'UE sont centralisées et non exposées via l'API). C correspond à tous les agents associés au même vecteur dans EPPO.

Périmètre : 99 agents réglementés dans le rôle A, 264 chaînes dans le catalogue principal.

La seule source de données est l'EPPO Global Database. Chaque chaîne repose sur deux références bibliographiques EPPO : pour l'arête A↔vecteur et pour l'arête vecteur↔C.

Les noms d'agents, de vecteurs et de cultures sur le site sont cliquables et mènent aux pages de taxons EPPO ; certaines sources renvoient directement à la publication via le DOI.

• Vecteur (le pont principal). Spécificité du vecteur = 1 / le nombre d'agents qu'il transporte. Plus la gamme transportée est étroite, plus le lien est significatif.
• Gamme commune de cultures-hôtes. La part de cultures communes via le coefficient de Jaccard (intersection sur union des ensembles d'hôtes). Les classes Major host et generic Host sont utilisées ; les hôtes de laboratoire et adventices sont exclus.
• Géographie commune. Le recouvrement des pays de distribution de A et C selon EPPO.

Doublement confirmé = vecteur plus gamme d'hôtes commune. Triplement = plus un recouvrement de pays.

Le catalogue principal est classé par non-évidence (spécificité du vecteur multipliée par la nouveauté issue de la distance entre familles d'hôtes) : les liens entre cultures botaniquement éloignées, qu'un spécialiste n'aurait pas à l'esprit par défaut, remontent en tête.

La section confirmée est classée différemment — par force de confirmation, et non par non-évidence. La mention « fort » = un vecteur spécifique (pas plus de 6 agents transportés) ET au moins 2 cultures communes ET un volume d'hôtes communs entre 5 et 150 ET un Jaccard non inférieur à 0.1.

Pour la confirmation, la métrique de nouveauté n'est pas adaptée : ici les hôtes communs sont un signe de force du lien, pas une pénalité (dans la nouveauté, les hôtes communs abaissent au contraire le score).

• EPPO n'enregistre pas de vecteurs pour de nombreux agents, surtout les nouveaux — la couverture des vecteurs est incomplète.
• La plupart des enregistrements d'hôtes sont generic Host sans classe précisée ; cela réduit la complétude du pont par les hôtes.
• Les sources ne proviennent que des trois pays aux listes EPPO non vides — le tableau réglementaire réel est plus large.
• La méthode ne détermine pas le sens de la transmission.
• Il s'agit d'une extraction d'associations à partir de la littérature EPPO, pas d'une expérience biologique ; chaque hypothèse nécessite une vérification par un expert.
• La convergence par culture est un signal opérationnel de risque partagé par culture, pas la nouveauté de Swanson.
• La dynamique temporelle (quand le vecteur et les deux agents coïncidaient réellement) n'est pas prise en compte.