Metodología

El método ABC de Swanson: patógeno A — vector común B — patógeno C. El vínculo A↔B y el vínculo B↔C se toman cada uno de EPPO; el vínculo A↔C inferido es una hipótesis sobre una posible vulnerabilidad común a través del vector.

A proviene de las listas de cuarentena reguladas (Rusia, Reino Unido, Türkiye — las únicas con listas no vacías en la API de EPPO; las listas de la UE están centralizadas y no se exponen a través de la API). C es todo patógeno asociado al mismo vector en EPPO.

Alcance: 99 patógenos regulados en el rol A, 264 cadenas en el catálogo principal.

La única fuente de datos es la EPPO Global Database. Cada cadena se apoya en dos referencias bibliográficas de EPPO: para la arista A↔vector y para la arista vector↔C.

Los nombres de patógenos, vectores y cultivos en el sitio son clicables y llevan a las páginas de taxones de EPPO; algunas fuentes enlazan directamente a la publicación vía DOI.

• Vector (el puente principal). Especificidad del vector = 1 / el número de patógenos que transporta. Cuanto más estrecho es el rango transportado, más significativo es el vínculo.
• Rango común de cultivos hospedantes. La proporción de cultivos comunes mediante el coeficiente de Jaccard (intersección sobre unión de los conjuntos de hospedantes). Se usan las clases Major host y generic Host; los hospedantes de laboratorio y las malezas se excluyen.
• Geografía común. El solapamiento de los países de distribución de A y C según EPPO.

Doblemente confirmado = vector más rango común de hospedantes. Triplemente = más un solapamiento de países.

El catálogo principal se ordena por no evidencia (especificidad del vector multiplicada por la novedad derivada de la distancia entre familias de hospedantes): los vínculos entre cultivos botánicamente distantes, que un especialista no tendría presentes por defecto, suben a la cabeza.

La sección confirmada se ordena de otra forma — por fuerza de confirmación, no por no evidencia. La marca «fuerte» = un vector específico (no más de 6 patógenos transportados) Y al menos 2 cultivos comunes Y un volumen de hospedantes comunes entre 5 y 150 Y un Jaccard no inferior a 0.1.

Para la confirmación la métrica de novedad no sirve: aquí los hospedantes comunes son una señal de fuerza del vínculo, no una penalización (en la novedad, los hospedantes comunes en cambio bajan la puntuación).

• EPPO no registra vectores para muchos patógenos, especialmente los nuevos — la cobertura de vectores es incompleta.
• La mayoría de los registros de hospedantes son generic Host sin clase especificada; esto reduce la completitud del puente por hospedantes.
• Las semillas provienen solo de los tres países con listas EPPO no vacías — el panorama regulado real es más amplio.
• El método no determina la dirección de la transmisión.
• Se trata de minería de asociaciones a partir de la literatura de EPPO, no de un experimento biológico; cada hipótesis requiere revisión por un experto.
• La convergencia por cultivo es una señal operativa de riesgo compartido por cultivo, no la novedad de Swanson.
• La dinámica temporal (cuándo coincidían realmente el vector y ambos patógenos) no se tiene en cuenta.