О проекте Robertium
Зачем существует этот проект и куда он движется
Проблема
Поиск лекарств медленный и дорогой. В среднем новый препарат выходит на рынок за 10–15 лет и обходится более чем в $2 млрд. При этом многие связи, которые могли бы привести к новым методам лечения, уже существуют в опубликованной литературе — они просто скрыты в шуме из 4000+ биомедицинских статей, выходящих каждый день.
Перепрофилирование лекарств — поиск новых применений для уже одобренных препаратов — это более быстрая и дешёвая альтернатива. Но систематический поиск кандидатов на перепрофилирование требует читать и связывать данные из тысяч статей в разных терапевтических областях. Ни одна команда людей не справится с этим в таком масштабе.
Robertium создан именно для этого.
Кто это сделал
Robertium создаёт и поддерживает Daniel Trofimov как независимый открытый проект, с активными коммитами в github.com/routewise96/robertium и публичным журналом методологии в /updates.
Моя специализация — инженерия, а не биомедицина. Я пришёл к этой задаче со стороны инфраструктуры: структурированный разбор литературы в масштабе — решаемая программная задача, а существующие открытые инструменты не доходят до генерации межобластных гипотез. Каждое методологическое решение принимается публично, с участием исследователей, которые понимают биологию лучше меня, и поправки от сообщества приходят как коммиты, а не как тихие правки.
Daniel есть на GitHub и LinkedIn. Название проекта — в честь моего отца, который научил меня, что значимая работа занимает годы и что терпение — это дисциплина.
Подход
Robertium читает открытую биомедицинскую литературу, извлекает структурированные утверждения и применяет методологию 40-летней давности — основанный на литературе поиск (literature-based discovery) Дона Свенсона — с помощью современных языковых моделей и графов знаний.
Результат: гипотезы-кандидаты с полными цепочками доказательств, готовые к экспертной проверке и экспериментальной валидации. Не предсказания, не магия — просто систематический поиск связей, которые уже существуют в опубликованных исследованиях.
Подробно о методологии — на странице /method.
Почему открытый код
Инфраструктура для поиска лекарств слишком важна, чтобы быть запертой в проприетарных платформах. Мы считаем:
- Биомедицинская литература — общественное благо. Инструменты для навигации по ней тоже должны быть общедоступными.
- Воспроизводимость фундаментальна для науки. Закрытые системы её ломают.
- Исследователи должны иметь возможность изучать, изменять и улучшать методы, которые порождают гипотезы, на проверку которых они потратят годы.
Весь код под лицензией MIT. Все извлечённые данные будут опубликованы под CC-BY-4.0 вместе с первым препринтом. Граф знаний доступен для скачивания. Любой может склонировать репозиторий и запустить весь пайплайн на своей области.
Что дальше
2026 (на данный момент)
- Запущен многодоменный корпус: 10 терапевтических областей, 167 145 статей, 270 791 структурированное утверждение
- Межобластной каталог гипотез: 24 285 кандидатов всего, 1618 проходят фильтры outreach-качества после дедупликации (197 высокой достоверности) с полными цепочками доказательств
2026 (в процессе)
- Публичный препринт на bioRxiv с описанием методологии и первых находок
- Открытая публикация набора данных для исследовательского сообщества под CC-BY-4.0
- Обращение к профильным экспертам за оценкой топ-кандидатов
2027
- Расширенный корпус: 100 000+ статей на каждую крупную область
- Активное сотрудничество с экспериментальными лабораториями для валидации топ-кандидатов
- Публичные инструменты: API для исследователей, веб-интерфейс для изучения гипотез
- Финансирование через гранты открытой науки (Mozilla, Wellcome, CZI)
Дальше
- Построить устойчивую инфраструктуру, на которую опираются биомедицинские исследователи
- Интеграция с клиническими данными, базами «препарат–мишень» (DrugBank, ChEMBL)
- Обучение доменно-специфичных моделей для более точного извлечения
- Сделать Robertium стандартной инфраструктурой для поиска по литературе
Как присоединиться
Robertium растёт за счёт сотрудничества. Я ищу:
- Профильных экспертов — онкологов, неврологов, фармакологов, которые могут оценить топ-гипотезы в своей области и сказать, что интересно, а что тривиально.
- Вычислительных биологов — особенно тех, кто работает с графами знаний, NLP для биомедицины или методологией LBD.
- Инженеров — вклад в открытый код, улучшения производительности, новые функции.
- Спонсоров — если ваш фонд поддерживает открытую биомедицинскую инфраструктуру.
Пишите на daniel@robertium.com или через GitHub.